S-X3凝膠色譜法的原理比較特殊類似于分子篩。
待分離組分在進入S-X3凝膠色譜法后，會依據(jù)分子量的不同，進入或者不進入固定相凝膠的孔隙中，不能進入凝膠孔隙的分子會很快隨流動相洗脫，而能夠進入凝膠孔隙的分子則需要更長時間的沖洗才能夠流出固定相，從而實現(xiàn)了根據(jù)分子量差異對各組分的分離。
S-X3凝膠色譜法的優(yōu)缺點
S-X3凝膠色譜法的優(yōu)點：
①一次實驗所需時間可以預先知道，因為不會超過整個色譜柱中全部溶劑流出色譜柱所需時間；
②整個淋洗均用單一淋洗劑，不使用梯度淋洗；
③試樣在柱中稀釋少，因而容易檢測；
④只要試樣能溶解就能測定，減少了用于試驗實驗條件的時間；
⑤組分的保留時間提供它們的分子尺寸信息。
S-X3凝膠色譜法的缺點：
①要得到分離效果，試樣間必須有分子尺寸的差別。分子尺寸相同的混合物（如異構體的混合物）不易分開；
②色譜柱的分離度比其他類型的低；
③峰容量小,一組具有20000理論塔片的凝膠色譜柱，按峰容量＝1+0.2(理論塔片數(shù))[sb-2fz1] 來估計,在擴散系數(shù)相同時,理論峰容量為 30，而其他類型液相色譜法中，這個值要大得多；
④可能有其他保留機理起作用，引起干擾，例如，填料表面殘留活性基團引起對溶質(zhì)的吸附。
